微波杀菌机对干菌和湿菌均有显著的杀灭作用，但对于湿菌的杀灭作用明显强于干菌，这说明了微波对极性分子有着更强在热效应。微波杀菌原理中热效应与常规灭菌方法一样是主要的影响因素；利用微波杀菌机对干菌杀灭试中发现，需要没有明显的热效应，但微波还是能够通过生物效应使干菌细胞内失衡导致死亡。微波热效应灭菌显示了一种随着时间增加而增加灭菌效果的线性关系，而微波生物效率则是一种对普及存在的细胞体内平衡破坏作用而得到的灭菌作用。

  波加热干燥与众不同的特点是：热量不是物体外表传入，而是微波透过物料内部被所含的水份和物体本身吸收直接加热。由于物料的表面水份的蒸发，因此，物料内部温度高于表面。使物料内部形成向外的压力差，加速了水份的表面迁移。从而使物体干燥。微波在被干燥木材内部直接作用，叫做“透热"。“透热"所需要的时间与木材的厚度无关，而与电场强度、微波频率以及木材的介电性质有关。微波作用木材时，当木材内部的温度高于100℃时，在木材中产生过量的水蒸汽压力，加速了水分子的移动。所以微波干燥木材的速度大大高于对流干燥（自然干燥、蒸汽干燥、红外干燥等）的速度。